使用改进的组装工具对兰花菌根相互作用中的病毒进行转基因组学分析

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 病毒学 病毒学
• 同生关系 同生关系.

背景情况:

• 兰花种子的发芽和早期发育严重依赖于与土壤传播的菌根真菌的共生关系来获得营养.
• 这种被迫的互惠主义,在进化历史上得到了精细化,涉及营养交换,真菌为兰花提供消化的营养.
• 兰花和真菌之间的密切的物理和营养关系提高了伙伴之间横向病毒传播的可能性.

研究的目的:

• 调查感染兰花及其相关菌根真菌的病毒的存在和多样性.
• 利用下一代测序 (NGS) 开发和完善检测这些共生生物体中的病毒的方法.
• 评估不同生物信息组装管道对病毒检测效率的影响.

主要方法:

• 准备了无菌发芽的,无真菌的兰花植物和纯培养的真菌分离物.
• 使用下一代测序 (RNA-seq) 进行了转录组分析.
• 使用短读序列的de novo组装,利用多个组装器来提高病毒识别的连续可靠性.

主要成果:

• 这项研究成功地检测出了兰花和菌根真菌样本中的病毒.
• 使用多个汇编器的精细生物信息方法表明,与单个汇编器方法相比,病毒检测效率得到了提高.
• 病毒检测效率和已识别的病毒物种数量因所选择的组装管道和数据输入而有显著差异.

结论:

• 兰花和菌根真菌之间的共生关系可以容纳病毒,有可能在合作伙伴之间传播.
• 在生物信息分析中使用多个组装管道对于最大限度地检测各种病毒物种至关重要.
• 这项研究为复杂的共生系统中的病毒转基因组学提供了更强大的方法.