在城市废水中检测SARS-CoV-2和基因组测序
Enric Cuevas-Ferrando1, Gloria Sánchez1, Alba Pérez-Cataluña2
1VISAFELab, Department of Preservation and Food Safety Technologies, Institute of Agrochemistry and Food Technology, IATA-CSIC, Valencia, Paterna, Spain.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|December 7, 2023
概括
基于废水的流行病学 (WBE) 通过分析污水中的病毒RNA来实现SARS-CoV-2监测. 本研究详细介绍了将样品集中,用RT-qPCR检测病毒以及用于突变和血统追踪的基因组测序的方法.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 基于废水的流行病学 (WBE) 是监测人口中的传染病的一个有价值的工具.
- 严重急性呼吸系统综合征-冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 在便中分泌,使废水成为监测的相关来源.
- 在废水中准确检测和描述SARS-CoV-2对于公共卫生至关重要.
研究的目的:
- 描述城市废水中SARS-CoV-2分析的综合方法.
- 详细说明废水样本中SARS-CoV-2RNA的度,检测,量化和基因组测序.
- 突出WBE在追踪病毒突变和新血统方面的实用性.
主要方法:
- 使用化沉的样本度.
- 通过逆转录定量聚合酶链反应 (RT-qPCR) 检测和定量SARS-CoV-2 RNA.
- 病毒RNA的基因组测序使用两个不同的测序平台.
主要成果:
- 描述的方法允许从废水中有效缩SARS-CoV-2.
- RT-qPCR可提供可靠的病毒RNA检测和量化.
- 大规模测序可以识别特定的SARS-CoV-2突变和新型血统.
结论:
- 度,RT-qPCR和基因组测序的综合方法对废水中的SARS-CoV-2监测有效.
- WBE提供了关于病毒循环,进化和公共卫生风险的关键见解.
- 这种方法支持对社区内的传染病动态进行强有力的监测.
更多相关视频
07:13Swabbing the Urban Environment - A Pipeline for Sampling and Detection of SARS-CoV-2 From Environmental Reservoirs
Published on: April 9, 2021
4.3K
10:53Concentration of Virus Particles from Environmental Water and Wastewater Samples Using Skimmed Milk Flocculation and Ultrafiltration
Published on: March 17, 2023
1.6K