通过高分辨率融分析,快速监测SARS-CoV-2变种的关注
Aurora Diotallevi1, Gloria Buffi2, Simone Barocci3
1Section of Biotechnology, Department of Biomolecular Sciences, University of Urbino Carlo Bo, 60132, Fano, PU, Italy. aurora.diotallevi@uniurb.it.
Scientific reports
|December 7, 2023
概括
一种新的实时PCR和高分辨率化试验可以快速识别SARS-CoV-2令人担忧的变种. 这种具有成本效益的方法增强了对COVID-19的当地流行病学监测和临床决策.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- COVID-19 流行病是由 SARS-CoV-2 变种驱动的,这些变种在 Spike 蛋白中具有突变.
- 基因组监测依赖于全基因组测序 (WGS),这是昂贵和耗时的.
- 快速识别令人担忧的变种 (VOC) 对于有效的公共卫生反应至关重要.
研究的目的:
- 开发和验证用于识别SARS-CoV-2 VOCs的快速,具有成本效益的试验.
- 将新试验的性能与现有的COVID-19 PCR测试进行比较.
- 评估在当地流行病学监测中实施该试验的可行性.
主要方法:
- 六个实时PCR和高分辨率化 (HRM) 试验被设计为准SARS-CoV-2 Spike (S) 基因.
- 这些测试适用于2020年10月至2022年6月期间采集的120个口腔/鼻抽样样.
- 对商业COVID-19 PCR测试的性能进行了评估,重点是特异性和敏感性.
主要成果:
- 与商业PCR测试相比,开发的测试表明100%的特异性和灵敏性.
- 在106个阳性样本中,98.1%的样本被正确识别,包括野生类型,Alpha,Delta和Omicron亚系 (BA.1/BA.1.1,BA.2/BA.4/BA.5).
- 该测试每3小时处理大约10个样本,每样本的成本低于10欧元,包括RNA提取.
结论:
- 实时PCR和HRM测定提供了一种快速,敏感和特定的方法来识别SARS-CoV-2的VOCs.
- 这种方法为当地流行病学监测提供了WGS的经济有效的替代方案.
- 实施可以帮助及时的临床决策和公共卫生管理在COVID-19大流行期间.
