通过多阶段计算-生物物理相关联物识别针对纤维细胞生长因子受体3 (FGFR3) 的潜在药物分子
Sajjad Ahmad1,2,3, Taghreed N Almanaa4, Saifullah Khan5
1Department of Health and Biological Sciences, Abasyn University, Peshawar, Pakistan.
Journal of biomolecular structure & dynamics
|December 8, 2023
概括
研究人员使用计算机辅助药物发现方法确定了针对膀癌中的纤维细胞生长因子受体3 (FGFR3) 的新型化合物. 这些化合物显示出强烈的理论结合亲和力,保证了治疗开发的实验验证.
科学领域:
- 计算化学和分子建模.
- 瘤学和癌症治疗学
- 药理学和药物发现
背景情况:
- 纤维细胞生长因子受体3 (FGFR3) 是膀癌的重要治疗点,涉及75%的乳头瘤.
- 需要有效的治疗策略来准FGFR3在膀癌治疗中.
研究的目的:
- 通过计算机辅助药物发现 (CADD) 来识别准FGFR3活性囊中的强效小分子.
- 评估潜在候选药物的结合 afinity 和稳定性对FGFR3.3.
主要方法:
- 采用了各种CADD方法,包括分子对接和模拟.
- 使用了分子动力学 (MD) 模拟,MM/PBSA,MM/GBSA,WaterSwap和AMBER正常模式分析.
- 评估了结合能量,与FGFR3残留物 (例如,Leu478,Lys508) 的相互作用,以及形状稳定性 (RMSD,RMSF).
主要成果:
- 与对照组相比,确定了三种化合物 (BDC_24037121,BDC_21200852,BDC_21206757),它们的结合能 (-14.80, -12.22, -11.67 kcal/mol) 比对照组更高.
- 化合物表现出深囊结合,具有有利的键和范德瓦尔斯相互作用.
- 模拟MD和能量再验证证实了确定化合物的稳定性和强度结合.
结论:
- 已识别的化合物显示出对FGFR3.3有希望的理论结合亲和力.
- 这些分子代表了作为FGFR3抑制剂在膀癌中进一步开发的潜在候选者.
- 实验验证对于确认这些化合物的治疗疗效至关重要.
