全长度转录基因组的表征和对格莱迪西亚辛内西斯的比较分析
Feng Xiao1, Yang Zhao2, Xiurong Wang1
1Institute for Forest Resources and Environment of Guizhou, Key Laboratory of Forest Cultivation in Plateau Mountain of Guizhou Province, College of Forestry, Guizhou University, Guiyang, 550025, Guizhou, China.
BMC genomics
|December 8, 2023
概括
这项研究使用PacBio测序对Gleditsia sinensis进行了全面的遗传分析. 这些发现提供了关键的基因组数据,以推进分子育种,并了解这一重要的树种的进化机制.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 分子进化的分子进化.
背景情况:
- 格莱迪西亚 (Gleditsia sinensis) 是一种具有经济意义的树种,可获得的遗传信息有限.
- 这种缺乏数据阻碍了其分子育种和遗传改进的进步.
研究的目的:
- 使用PacBio SMRT测序生成Gleditsia sinensis的综合性转录组数据.
- 识别关键基因,非编码RNA和替代拼接事件.
- 为Gleditsia的进化研究和分子育种提供基础.
主要方法:
- 用PacBio单分子实时 (SMRT) 测序进行转录组分析.
- 生物信息工具被用于识别非冗余转录,开放式读取框架 (ORF),长非编码RNA (LncRNA) 和替代拼接 (AS) 事件.
- 进行了正统基因鉴定和选择压力分析.
主要成果:
- 产生了95,183个非冗余转录序列,包括93,668个完整的ORF,2,858个LncRNA,并确定了18,855个AS事件.
- 在Gleditsia属中确定了积极选择的与压力相关的基因和最佳编码子 (AGA,AGG,CCA).
- 发现了315种细胞染色体P450单氧化酶 (CYP450s) 和147种尿素二酸盐 (UDP) - 葡萄糖转移酶 (UGTs).
- 使用GsIAA14基因克隆验证了转录组组装可靠性.
结论:
- 该PacBio SMRT测序为Gleditsia sinensis提供了一个有价值的基因组资源.
- 这些数据将有助于未来研究这种树的进化历史和分子育种策略.
- 确定了潜在的参考基因 (EIF5A) 和关键基因家族 (CYP450s,UGTs) 进行进一步的功能研究.
