在液体和被动样本中进行SARS-CoV-2提取的套件的比较
Melody Lau1,2, Brendon J King1, Alexandra Keegan1
1SA Water Utility, 250 Victoria Square, Adelaide SA 5000, Australia.
Letters in applied microbiology
|December 9, 2023
概括
评估SARS-CoV-2 (严重急性呼吸道综合征冠状病毒2) 核酸提取套件对于精确的污水监测至关重要. 在MagMAXTM微生物组超核酸隔离套件中,在废水样本中显示出优异的病毒恢复和抑制剂去除.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 在污水中有效检测SARS-CoV-2 (严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2) 依赖于强大的核酸提取.
- 缺乏标准化的方法导致废水监测数据的变化.
- 了解提取套件的性能和PCR抑制剂的影响对于可靠的SARS-CoV-2监测至关重要.
研究的目的:
- 评估和比较三种商业核酸提取套件的有效性,用于从废水中恢复SARS-CoV-2.
- 评估不同废水矩阵对套件性能的影响.
- 确定最佳的提取方法,以准确监测污水.
主要方法:
- 评价RNeasy PowerSoil (PS),RNeasy PowerMicrobiome (PMB) 和MagMAXTM微生物组超 (MM) 套件,其中有轻微修改.
- 对病毒RNA恢复和PCR抑制剂去除的评估.
- 使用两个不同的南澳大利亚废水矩阵 (大都市和区域) 进行测试.
主要成果:
- 麦格马克斯TM微生物组超 (MM) 套件显示了最高的SARS-CoV-2恢复率,其次是PMB和PS.
- PMB套件的性能受到废水矩阵的显著影响.
- MM套件在不同样本类型中显示出一致的性能.
结论:
- 建议使用MagMAXTM微生物组超级套件,以有效地从污水中提取SARS-CoV-2.
- 废水矩阵特性显著影响提取套件的性能.
- 用相关矩阵对提取套件进行本地验证对于准确的SARS-CoV-2监测至关重要.
