单分子实时测序用于识别中国软海 (Pelodiscus sinensis) 中的性二态相关转录组和基因
Tong Zhou1, Guobin Chen1, Jizeng Cao1,2
1Yangtze River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fisheries Science, Wuhan 430223, China.
Animals : an open access journal from MDPI
|December 9, 2023
概括
研究人员分析了中国软海 (Pelodiscus sinensis) 的全长转录组,揭示了基因表达和替代拼接的显著性别差异. 这些发现提供了对这一经济重要物种的性别决定机制的见解.
科学领域:
- 水产养殖的基因组学
- 进行比较的转录学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 中国软海 (Pelodiscus sinensis) 是一种有价值的水产养殖物种,表现出两体性,雄性较大,在市场上更受欢迎.
- 了解确定性别的分子基础对于选择性繁殖和水产养殖管理至关重要.
研究的目的:
- 为了生成和分析Pelodiscus sinensis的全长 (FL) 转录组.
- 识别性别偏见的基因,新型异型和参与性发育的调控元素.
- 为未来研究P. sinensis.的性别决定机制奠定基础.
主要方法:
- 使用太平洋生物科学 (PacBio) 单分子实时 (SMRT) 测序的异形测序.
- 用于数据校正和转录组装的Illumina测序.
- 生物信息分析包括基因组映射,基因注释 (NR,KOG,GO,KEGG) 和替代拼接 (AS),长非编码RNA (lncRNAs) 和转录因子的识别.
主要成果:
- 产生了超过150万个高质量的FL转录,在映射后产生了89666个非冗余的FL转录.
- 标注了291个融合基因,17,366个新型异构体,19,324个替代的多基化位点,101,625个替代的剪接事件,12392个lncRNA和5916个转录因子.
- 鉴定出女性偏差基因 (如Smad4,Wif1,17-β-hsd) 和男性偏差基因 (如Nkd2,Prp18),其中关键差异与Wnt,卵细胞半转移和TGF-β通路有关.
结论:
- 在Pelodiscus sinensis中,在AS,lncRNA,基因和转录中发现了显著的性别特异性差异.
- 特定的基因和通路,包括Wnt和TGF-β信号,都与P. sinensis.的性别决定有关.
- 综合的FL转录组数据是了解的性别决定和改善水产养殖实践的宝贵资源.
