从现场采集的标本中生成高质量的植物和鱼类参考基因组,通过优化保存来优化保存.
Jeremiah J Minich1, Malia L Moore1,2, Nicholas A Allsing1
1The Plant Molecular and Cellular Biology Laboratory, Salk Institute for Biological Studies, 10010 N. Torrey Pines Rd., La Jolla, CA, 92037, USA.
Communications biology
|December 9, 2023
概括
95%乙醇有效地保护鱼类和植物样本的DNA,以进行高质量的基因组测序,即使不需要冷. 这种方法简化了在偏远地区研究新生物的样本采集.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 样本保存期间的DNA降解阻碍了各种物种的高质量参考基因组和泛基因组生成.
- 目前的方法通常需要冷存储,限制了现场工作和大规模生物多样性研究的可访问性.
研究的目的:
- 评估不同存储解决方案,温度和持续时间对DNA质量和长读测序性能的影响.
- 确定最佳的非冷保存方法,以从各种植物和动物物种中生成高质量的基因组.
主要方法:
- 使用9种鱼类和4种植物,测试了DNA保存方法.
- 评估DNA质量和牛津纳米孔长读测序输出在不同温度和时间点在95%乙醇中储存后.
- 组装了参考基因组,并评估了它们的连续性 (连续N50) 和完整性 (BUSCO分数).
- 将DNA甲基化频率进行比较,以评估适用于表观遗传分析的适度.
主要成果:
- 95%乙醇在鱼类血液中 (在22°C存储长达6周) 和植物组织中 (在4°C存储长达3周) 显著保护DNA降解.
- 符合脊椎动物基因组项目的标准的高质量参考基因组从这些条件下存储的样本中组装起来.
- 甲基化频率与液对照结果相似,这表明对表观遗传学研究的保存.
结论:
- 使用95%乙醇进行非低温储存是保护长读序列和基因组组合的DNA质量的可行替代方案.
- 这种方法简化了对基因组研究的样本保存,特别是在偏远地区,并扩大了对新生物的测序范围.


