通过多式向下一代测序在耐甲铁和敏感的人类骨髓瘤细胞系中进行单核酸多态形状分析
Chiara Casotti1,2, Claudia Maria Hattinger1, Maria Pia Patrizio3
1Osteoncology, Bone and Soft Tissue Sarcomas and Innovative Therapies, IRCCS Istituto Ortopedico Rizzoli, Bologna, Italy.
Frontiers in pharmacology
|December 11, 2023
概括
这项研究研究了高度骨肉瘤 (HGOS) 细胞系对甲状腺酸盐 (MTX) 耐药性的遗传变化. 它发现了与MTX耐药性相关的特定遗传变异和基因表达变化,为治疗耐药性机制提供了见解.
科学领域:
- 药物基因组学 药物基因组学
- 癌症遗传学 癌症遗传学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 甲托雷克萨特 (MTX) 是治疗高度骨肉瘤 (HGOS) 的关键药物.
- 影响HGOS中MTX耐药性的遗传因素尚未完全理解.
- 药物遗传学研究已经探索了与MTX反应和毒性相关的多态性.
研究的目的:
- 调查单核酸多态 (SNPs) 和它们在HGOS中MTX耐药性中的作用.
- 探索MTX抗性HGOS细胞系中DNA和RNA水平上的遗传变异.
- 确定与MTX耐药性发展相关的潜在遗传标记.
主要方法:
- 采用了定制的多式联运目标下一代测序 (mmNGS) 方法.
- 在酸代谢中分析了22个SNP,在8个MTX耐药和12个MTX敏感的HGOS细胞系中分析了MTX载体基因和TP53.
- 使用TaqMan基因型定型试验验的验证结果.
主要成果:
- 在MTX耐药变种中观察到TP53 rs1642785的高不稳定性.
- 在MTX耐药的Saos-2细胞系中,SLC19A1 rs1051266的基因变化在DNA和RNA两种水平上都被确定.
- 在高度耐药的U2OS变体中检测到MTHFR rs1801133 (RNA衍生的) 和DHFR (上调) 和SLC19A1 (下调) 的改变表达的等位基因变化.
- 在高度抵抗MTX的U2OS变体中发现了一个DHFR-MSH3融合转录.
结论:
- 毫米NGS方法有效地同时识别了DNA和RNA水平的遗传变化.
- 证据表明,等位基因变化在HGOS中MTX耐药性的发展中具有功能性参与.
- 这些发现为了解和潜在地克服HGOS治疗中MTX耐药性的基础.
