综合生物信息学和验证,以构建状态的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络
Yaojing Lin1, Hanyu Wen1, Bin Yang1
1Department of Neurosurgery, Union Hospital, Fujian Medical University, Fuzhou, Fujian Province, China.
Heliyon
|December 11, 2023
概括
这项研究在 status epilepticus (SE) 的小鼠模型中构建了竞争的内源性RNA (ceRNA) 网络. 这些发现揭示了这种神经紧急情况的潜在IncRNA生物标志物.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 状态 (SE) 是一种严重的神经疾病,其特征是长时间的发作.
- 基于长非编码RNA (lncRNA) 的竞争性内源RNA (ceRNA) 网络在SE病变发生中的作用需要进一步研究.
研究的目的:
- 在SE的小鼠模型中构建ceRNA网络.
- 阐明潜在的分子机制,并确定SE.潜在的遗传生物标志物.
主要方法:
- 在C57BL/6小鼠中建立了皮洛卡尔诱导的SE模型.
- 进行RNA测序以识别差异表达基因 (DEG).
- 利用生物信息学分析 (GO,KEGG,GSEA,PPI,ceRNA网络构建) 和qRT-PCR来分析基因表达和相互作用.
主要成果:
- 确定了345个DE-mRNA,84个DE-lncRNA和5个DE-miRNA.
- 功能丰富分析表明,在SE.中,血管生成,炎症和与神经元相关的过程参与其中.
- 构建了两个不同的ceRNA网络,涉及特定的lncRNA,miRNA和mRNA.
结论:
- 本研究介绍了第一个全面的表达特征和IncRNAs在SE的小鼠模型中的潜在功能.
- 已确定的ceRNA网络和lncRNA为SE诊断和治疗提供了新的见解和潜在的遗传生物标志物.


