使用nPOPOP进行多重化单细胞蛋白质组的大量并行样本制备
Andrew Leduc1, Luke Koury1, Joshua Cantlon2
1Departments of Bioengineering, Biology, Chemistry and Chemical Biology, Single Cell Proteomics Center, and Barnett Institute, Northeastern University, Boston, MA 02115, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|December 11, 2023
概括
我们开发了nPOP,这是一种用于并行单细胞蛋白质组学样本准备的新方法. 这种技术使每细胞数千种蛋白质的高通量分析成为可能,从而推进了单细胞蛋白质的量化.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 细胞生物学 细胞生物学
背景情况:
- 使用质谱法 (MS) 的单细胞蛋白质组学提供了高的特异性和灵敏性.
- 目前的方法面临着大规模单细胞分析的吞吐量限制.
研究的目的:
- 开发一种高通量方法,用于单细胞蛋白质组学的并行样本制备.
- 为了准确量化成千上万个个人的细胞中的蛋白质.
主要方法:
- 开发了nPOP (纳米升弹出),一种在玻璃幻灯片上的纳米升滴中并行制备单细胞的方法.
- 使用多重质谱法 (plexDIA) 实现的nPOP用于蛋白质量测量.
- 使用了CellenONE仪器和随时可用的耗材.
主要成果:
- 每个人类细胞中大约有3000 - 3700个蛋白质的精确量化得到了实现.
- nPOP协议可以在1-2天内处理超过3000个单细胞.
- 提供质量控制指标和软件,以实现强大的扩展.
结论:
- nPOP显著提高了单细胞蛋白质组的吞吐量.
- 该协议是灵活的,适用于各种单细胞悬浮剂,并促进广泛采用.
- nPOP支持可靠,高通量单细胞蛋白质分析,用于生物发现.
