在生物医学研究中使用基础本体学
César H Bernabé1, Núria Queralt-Rosinach2, Vítor E Silva Souza3
1Department of Human Genetics, Leiden University Medical Center, Leiden, The Netherlands. c.h.bernabe@lumc.nl.
基础本体学在生物医学研究中用于各种任务,但缺乏对其益处的经验证据. 需要更系统的方法和正式的方法来开发和评估本体学,以提高数据的公平性.
科学领域:
- 生物医学信息学 生物医学信息学
- 知识表示 知识表示
- 数据科学数据科学数据科学
背景情况:
- 公平原则主张控制的词汇,如数据和元数据的本体学.
- 相互矛盾的本体学定义阻碍了互操作性;提出了一个以基础本体学为基础的层级组织.
- 基础的本体学旨在通过充当意义翻译器来提高互操作性,但经验测试很少.
研究的目的:
- 系统地绘制生物医学研究中基础本体学的使用情况.
- 确定支持基础本体论的优缺点的经验证据.
- 评估在本体学开发和评估中遵守正式方法的程度.
主要方法:
- 系统地绘制79篇精选论文的文献地图.
- 对本体结构构建,修复,映射和数据分析应用程序的分析.
- 检查有关互操作性,推理,开发速度和可维护性的主张.
主要成果:
- 基础的本体学被用于构建,维修,绘图和数据分析.
- 声称的好处包括改进的互操作性,推理和开发速度;复杂性是被引用的缺点.
- 观察到有限的实证测试 (1篇论文) 和在本体论文开发 (16/49篇论文) 和评估 (4/49篇论文) 中对正式方法的低遵守.
结论:
- 在生物医学研究中,对基础本体学的经验评估存在重大需求.
- 该领域将受益于在 Ontology 开发和评估中采用更系统的方法和正式的方法.
- 更好的理解和正式的方法可以提高本体学质量,可持续性和数据公平性.
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