非传统酵母中的化特征Lachancea cidri
Pablo Villarreal1,2, Samuel O'Donnell3, Nicolas Agier3
1Departamento de Biología, Facultad de Química y Biología, Universidad de Santiago de Chile, Santiago, Chile.
mSystems
|December 12, 2023
概括
结构变化推动了酵母适应人类环境. 果酵母的基因组分析揭示了重要的结构变异,包括一个大的转位,影响发酵性能和诸如乙醇耐受性等特征.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 进化生物学 进化生物学
- 酵母生物学的酵母生物学
背景情况:
- 化研究往往侧重于模型生物,限制了对非模型物种的基因型-表型关系的理解.
- 结构变异 (SVs) 对适应至关重要,但它们的适应性后果在野生与养的非模型系统中没有得到充分研究.
研究的目的:
- 通过比较一种雪茄菌株 (CBS2950) 与野生分离物来调查Lachancea cidri的化特征.
- 描述主要的基因组重组及其对非模型酵母表型特征的影响.
主要方法:
- 使用了长读和短读测序策略的组合.
- 在一个化酵母菌株和八个野生分离物之间进行了比较基因组分析.
主要成果:
- 在*L. cidri*中确定了数十种SVs,与雪茄菌株的单核酸多态相比,其比例更高.
- 发现了一种巨大的互换转位 (约16kb和500kb),这种转位是酒菌株特有的,它影响了*PUT4*基因调节区域.
- 观察到SVs对许多基因产生影响,与酒菌株的发酵性能,乙醇耐受性和proline利用率有相关性.
结论:
- 结构变异是酵母快速生理适应人类相关环境的关键驱动因素.
- 在非模型物种如L. cidri*中,SVs对适应性发酵特征有显著的贡献.
- 这项研究强调了SVs在理解模型生物之外的化方面的重要性.
