通过使用EcoToxChip RNASeq数据库对六种物种化学物质的转录组反应进行比较
Krittika Mittal1, Jessica Ewald1, Doug Crump2
1Faculty of Agricultural and Environmental Sciences, McGill University, Montreal, Quebec, Canada.
Environmental toxicology and chemistry
|December 12, 2023
概括
这项研究介绍了FAIR RNA测序数据库,包含49个实验中的724个样本,这些样本来自暴露于8种环境化学物质的模型和生态物种. 对比转录组学分析揭示了共同的差异表达基因和丰富的途径跨物种,生命阶段和化学暴露.
科学领域:
- 环境毒理学环境毒理学
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
- 生态毒素基因组学
背景情况:
- 环境化学品对各种物种构成风险,需要强大的毒理学评估工具.
- RNA测序提供了一种强大的方法来了解分子对化学物质暴露的反应.
- 一个全面的,可访问的数据库对于跨物种和跨化学物质的毒理学研究至关重要.
研究的目的:
- 策划和共享一个FAIRRNA测序数据库 (724个样本,49个实验),涵盖多种物种,生命阶段和化学暴露.
- 使用ExpressAnalyst进行比较转录学分析,以确定常见的毒理反应.
- 为未来生态毒基因组学研究和化学风险评估提供资源.
主要方法:
- 在不同生命阶段的模型 (日本,大头,非洲爪) 和生态 (双顶,彩虹,北方) 物种上进行了RNA测序.
- 八种环境化学物质 (乙inyl estradiol,hexabromocyclododecane,,,,17β trenbolone,pyrifos,,,[a]pyrene) 被用于暴露.
- 使用ExpressAnalyst进行了比较转录组学分析,包括Seq2Fun和EcoOmicsDB,重点关注差异性基因表达和通路丰富.
主要成果:
- 该RNA测序数据库 (NCBI GEO 加入 GSE239776) 遵循 FAIR 原则.
- 主要组件分析显示,样品按分类组和组织类型进行分离.
- 常见的差异表达基因包括CYP1A1,CTSE和MYC;丰富的途径涉及代谢和化学致癌.
结论:
- 呈现的RNA测序数据库是研究界的一个有价值的,可访问的资源.
- 对比分析显示,在各种脊椎动物物种中,对环境化学物质的转录基因反应得到了保护.
- 这种资源有助于跨物种的研究和化学毒性的深入分析.
