开发一种准确和快速的方法,用于对犬类帕沃病毒的全基因组表征
Emma Condon1, Sofía Grecco1, Ana Marandino1
1Sección Genética Evolutiva, Departamento de Biología Animal, Instituto de Biología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Iguá 4225, 11400 Montevideo, Uruguay.
Journal of virological methods
|December 12, 2023
概括
一种新的多重PCR下一代测序方法可以直接从临床样本中测序完整的犬类帕维病毒 (CPV) 基因组,帮助对这种传染病原体进行基因组监测和控制.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 基因组监测 基因组监测
- 分子流行病学分子流行病学
背景情况:
- 狗类帕维病毒 (CPV) 是家养狗和其他食肉动物的全球重要病原体.
- 持续对CPV的基因组监测对于了解其变异性和实施有效的控制策略至关重要.
- 现有的全长基因组测序方法可能是资源密集型的,需要专门的专业知识.
研究的目的:
- 开发一种简化,经济高效的方法,直接从临床标本中获得完整的犬类帕维病毒基因组.
- 为了实现有效的大规模基因组测序,实时监测CPV演变和多样性.
- 为了改善分子流行病学和疾病控制,促进新出现的CPV变异的识别和跟踪.
主要方法:
- 开发一个多重PCR下一代测序 (NGS) 试验,利用和尾状片进行重叠片段放大.
- 测试对被诊断为CPV的狗的10个便样本和1个CPV-2疫苗菌株进行了应用.
- 测试测试对猫类泛白血病病毒 (FPLV) 阳性样本的有效性.
主要成果:
- 实现了100%的基因组覆盖率和所有12个测试样本的高测序深度,包括CPV和FPLV.
- 成功对各种CPV抗原变体 (2a,2b,2c) 和祖先CPV-2菌株的编码区域,非翻译区域和重复进行了测序.
- 证明了该试验在放大FPLV方面的有效性,表明在Protoparvovirus属内潜在的更广泛的适用性.
结论:
- 多重PCR-NGS方法为从临床样本中全长parvovirus基因组测序提供了强大的,高效的和可访问的方法.
- 这种技术显著扩大了公共数据库中完整病毒基因组的可用性,支持实时基因组监测.
- 该方法有助于跟踪病毒演变,识别新变异,增强分子流行病学和对犬类帕维病毒和相关病毒的控制.
