一个高灵敏度低纳米流量LC-MS配置,用于高通量样本限制蛋白质学
Runsheng Zheng1, Manuel Matzinger2, Rupert L Mayer2
1Thermo Fisher Scientific, Dornier Str. 4, 82110 Germering, Germany.
Analytical chemistry
|December 13, 2023
概括
本研究介绍了蛋白质组学高通量纳米LC-MS方法,优化了像单细胞蛋白质组学 (SCP) 这样的样本有限分析的灵敏度和速度. 开发的工作流提高了蛋白质组覆盖率和吞吐量,使最小的生物样本能够有效分析.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 高通量蛋白质组学对于分析有限的生物样本至关重要.
- 优化纳米LC-MS工作流程对于平衡灵敏度和速度至关重要.
研究的目的:
- 为了证明高通量纳米LC-MS和无标签量化 (LFQ) 对样本限制的自下而上的蛋白质组学的实用性.
- 为了优化单细胞蛋白质组学 (SCP) 分析的条件.
- 为了评估蛋白质覆盖的不同数据采集策略.
主要方法:
- 优化一个50微米的ID.D. 列纳米LC-MS系统在100nL/分钟.
- 评估数据依赖采集 (DDA),宽窗采集 (WWA) 和宽窗数据独立采集 (WW-DIA).
- 实施陷和逃逸工作流程,以缩短周期时间.
主要成果:
- 通过使用10分钟梯度 (每天72个样本) 与WW-DIA实现了>3,000个蛋白质组的识别.
- 通过陷和逃逸工作流程将方法循环时间缩短到14.4分钟 (100个样本/天).
- 在对单细胞样本的无图书馆 DIA 分析中确定了 >1,700 个蛋白质组.
结论:
- 该研究为样本限制蛋白质组学提供了高灵敏度,高通量纳米LC-MS配置.
- 优化的方法适用于要求高的应用,如单细胞蛋白质组学.
- 这种方法显著提高了蛋白质组覆盖率和样本吞吐量.


