PICAFlow:一个完整的R工作流,专门用于流量/质量细胞计数据,从预处理到深入和全面的分析
Paul Régnier1,2, Cindy Marques1,2,3,4, David Saadoun1,2,3,4
1Immunology-Immunopathology-Immunotherapy (i3) Laboratory, INSERM UMR-S 959, Sorbonne Université, 75005 Paris, France.
Bioinformatics advances
|December 13, 2023
概括
PICAFlow是一个新的R包,用于分析流量和质量细胞计数据. 它提供了一个用户友好的,全集解决方案来处理数据,从预处理到高级分析,包括删除批量效应.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 流量和质量细胞计产生复杂的,高维的数据集.
- 现有的软件往往缺乏用于数据处理和分析的全面功能.
- 批量效应和异质性可以混实验结果.
研究的目的:
- 推出PICAFlow,一个集成的R工作流,用于流量和质量细胞计数据.
- 为全面的数据分析提供一个用户友好的,全集解决方案.
- 为了解决当前软件的局限性,例如实时数据转换和批量效应校正.
主要方法:
- PICAFlow 是一个用 R 编写的包.
- 它包括交互式R Shiny应用程序用于数据转换和补偿.
- 实现规范化方法以减轻批量效应和异质性.
- 功能包括缩小维度,细胞聚类和统计分析.
主要成果:
- PICAFlow提供了一个用户友好的界面,用于复杂的数据分析.
- 它集成了从预处理到可视化的多个分析步骤.
- 交互式工具有助于实时数据处理和质量控制.
- 包括消除批量效应和减少异质性的方法.
结论:
- PICAFlow为流量和质量细胞计数据分析提供了强大而全面的解决方案.
- 它的综合方法和用户友好的设计增强了数据处理和解释.
- 该方案解决了细胞计量数据分析的关键挑战,提高了可复制性和准确性.
