在Bergenia ciliata中使用de novo转录组测序开发EST-SSR标记物
Harish Chandra Singh1,2, Vandana Tiwari1, Avinash Tiwari2
1Molecular Systematics Laboratory, CSIR-National Botanical Research Institute, Rana Pratap Marg, Lucknow-226001, Uttar Pradesh, India.
Genome
|December 13, 2023
概括
重要喜马拉雅草药Bergenia ciliata使用转录组数据开发了新的遗传标记物. 这些简单序列重复 (SSR) 标记揭示了适度的遗传多样性,有助于未来的保护和研究.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 贝尔根尼亚叶是一种来自印度喜马拉雅山脉的宝贵草药,具有多样化的应用.
- 开发分子标记物对于理解和保护这种物种至关重要.
研究的目的:
- 在Bergenia ciliata中使用下一代测序开发和识别简单序列重复 (SSR) 标记物.
- 评估Bergenia ciliata种群中的遗传多样性.
主要方法:
- 进行了Illumina测序和de novo转录组组装.
- 确定了简单序列重复 (SSR) 标记物,并设计了EST-SSR原料.
- 在40个不同的加入中进行了初级验证和遗传多样性分析.
主要成果:
- 确定了超过18,000个SSR,其中二核酸重复是最常见的.
- 17个经过验证的EST-SSR启动对显示了多态波段.
- 遗传多样性的中等水平被观察到 (H_o = 0.389,H_e = 0.542,PIC = 0.513).
结论:
- 生成的转录组数据和EST-SSR标记物是Bergenia遗传学的宝贵资源.
- 这些标记可以支持功能基因组学,人口研究和Bergenia属的保护工作.
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