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Updated: Jul 8, 2025

Tissue Collection of Bats for -Omics Analyses and Primary Cell Culture

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Published on: October 23, 2019

塔森德的大耳蝙蝠,Corynorhinus townsendii 的参考基因组

Samantha L R Capel¹, Natalie M Hamilton², Devaughn Fraser³

¹Wildlife Genetics Research Unit, Wildlife Health Laboratory, California Department of Fish and Wildlife, Sacramento, CA, United States.

The Journal of heredity

|December 13, 2023

概括

我们为Townsend生成了第一个高质量的基因组组件.

科学领域:

保护基因组学保护基因组学
哺乳动物遗传学哺乳动物遗传学
生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

森大耳蝙蝠 (Corynorhinus townsendii) 是北美西部的一种脆弱物种.
了解种群结构和遗传多样性对于有效保护这种蝙蝠至关重要.

研究的目的:

为了创建第一个 de novo 基因组组装Townsend的大耳蝙蝠.
为保护这一物种的基因组学研究提供基础资源.

主要方法:

利用了太平洋生物科学公司的HiFi长读数和Omni-C染色体近距离测序.
按照加州保护基因组学项目 (CCGP) 的标准进行了新的基因组组装.

主要成果:

生成了一个2.1Gb的基因组组合,有391个支架.
实现了174.6 Mb的N50脚手架和23.4 Mb的N50脚手架.
获得了96.6%的高BUSCO完整度得分.

结论:

高质量的基因组组装是Townsend的大耳蝙蝠保护的重要工具.
该资源将有助于了解种群遗传学和当地适应,以制定明智的管理策略.

关键词:

这是CCGP的CCGP.加利福尼亚州保护基因组学项目长腿动物 (Chiroptera) 是一个类动物.这就是Vespertilionidae.长时间阅读组装.

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