下一代技术和生物信息学管道的比较,用于Streptococcus pneumoniae的囊类型
Desiree Henares1,2,3, Stephanie W Lo4,5, Amaresh Perez-Argüello1,2
1Department of RDI Microbiology, Hospital Sant Joan de Déu , Barcelona, Spain.
Journal of clinical microbiology
|December 13, 2023
概括
全基因组测序 (WGS) 能够有效地识别肺炎球菌血清型,即使使用长时间读取的数据. 生物信息学管道显示出高准确性,尽管与传统血清型定型的轻微差异在监控中需要考虑.
科学领域:
- 微生物学与传染病的研究
- 基因组学和生物信息学
- 公共卫生监督 公共卫生监督
背景情况:
- 全基因组测序 (WGS) 为肺炎球菌囊型的传统血清学方法提供了替代方案.
- 在第三代技术的长时间读取序列上使用WGS的in silico血型鉴定的应用仍然未得到充分探索.
研究的目的:
- 在西班牙加泰罗尼亚的侵袭性疾病病例中确定肺炎球菌囊型,使用血清类型和WGS.
- 用短读和长读WGS数据比较各种肺炎球菌血型鉴定生物信息管道的性能.
主要方法:
- 分析了在2013-2019年期间收集的119种侵入性肺炎球菌儿科隔离物.
- 使用抗囊抗菌剂进行血清类型测定.
- 通过WGS使用Illumina (短读) 与PneumoCaT,SeroBA,病原体观察,以及MinION-ONT (长读) 与病原体观察进行In silico血清定型.
主要成果:
- 确定了29种不同的血清型,其中24F,14和15B/C是最常见的.
- 基于WGS的管道显示出与血清学类型的高度一致性 (>91%的准确性).
- 主要在血清组内的血清型水平 (例如,6A/B,9A/V) 和血清组水平 (血清型29与35B/D) 观察到差异.
结论:
- 生物信息学基于WGS的管道,包括使用第三代测序的管道,对肺炎球菌囊类型有效.
- 在肺炎球菌监测研究中,需要仔细考虑WGS和血清学方法之间的潜在差异.


