开发和验证下一代测序试验与开放访问分析软件的开发和验证,用于检测CMV中的耐药性相关突变
Melanie A Mallory1, Weston C Hymas1, Keith E Simmon1
1ARUP Institute for Clinical and Experimental Pathology, ARUP Laboratories , Salt Lake City, Utah, USA.
Journal of clinical microbiology
|December 13, 2023
概括
下一代测序 (NGS) 提供了一种敏感的方法来检测细胞巨乳病毒 (CMV) 耐药性突变. 这种经过验证的NGS试验能够准确地识别耐药性标记物,即使在低频率下也是如此,在标准的桑格测序上有所改进.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 遗传学 是一个遗传学.
背景情况:
- 细胞巨乳病毒 (CMV) 感染可能导致耐药性,使治疗复杂化.
- 准确检测耐药性突变对于有效的抗病毒治疗至关重要.
- 目前的方法,如桑格测序,可能会错过低频或新型耐药性突变.
研究的目的:
- 开发和验证基于安普利康的Ion Torrent下一代测序 (NGS) 试验,用于检测CMV耐药性突变.
- 为了比较开发的NGS测试与标准的桑格测序的性能.
- 评估CMV耐药性测试的NGS试验的准确性,灵敏性和可重复性.
主要方法:
- 一种基于AMPLCON的NGS试验的设计,针对关键的CMV抗性基因 (UL27,UL54,UL56,UL97).
- 开发一个开放访问的软件插件用于数据分析和变体解释.
- 使用等离子体,CMV标准,定量临床标本的验证,并与Sanger测序对185名患者样本进行比较.
主要成果:
- NGS试验显示出低误差率 (<0.05%) 和高精度 (95%) 检测突变≥5%.
- 高可复制性在病毒载荷≥2.6 log IU/mL的40倍覆盖率下实现.
- 与Sanger相比,NGS在16个标本中发现了18种额外的耐药性突变,包括影响药物耐药性解释的低频变异.
结论:
- 经过验证的NGS试验与桑格测序有很好的一致性,并且在检测CMV耐药性突变方面具有更高的灵敏度.
- 这种NGS方法可以更早地检测抗病毒耐药性,并可能引导更有效的患者管理.
- 该试验能够检测低频变异,从而可以更深入地了解CMV耐药性概况.
