植物管道:用于检测和诊断植物病原体的植物卫生管道,使用RNA-seq数据进行检测和诊断
Xiaojun Hu1, Oscar P Hurtado-Gonzales2, Bishwo N Adhikari2
1United States Department of Agriculture (USDA), Animal and Plant Health Inspection Service (APHIS), Plant Protection and Quarantine (PPQ), Plant Germplasm Quarantine Program (PGQP), Beltsville, MD, USA. xiaojun.hu@usda.gov.
BMC bioinformatics
|December 13, 2023
概括
PhytoPipe是一个新的生物信息学工具,用于分析高通量测序 (HTS) 数据,以检测广泛的植物病原体,包括病毒,细菌,真菌和菌. 这种用户友好的管道生成全面的报告,有助于植物疾病诊断和农业生物安全.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 保护农业系统免受异国植物病原体的影响,对全球贸易至关重要.
- 高通量测序 (HTS) 对病原体发现至关重要,但数据分析仍然是一个挑战.
- 现有的生物信息学工具主要关注病毒和病毒,缺乏全面的病原体检测.
研究的目的:
- 开发一个综合生物信息学管道,用于检测HTS数据中的广泛的植物病原体.
- 为植物病理学诊断人员提供一个用户友好的工具.
- 从HTS RNA-seq数据生成全面的植物卫生报告.
主要方法:
- 开发了PhytoPipe,这是一个使用Snakemake,Python 3和bash脚本的开源生物信息管道.
- 综合质量控制,读取分类,基于组装的注释和基于引用的映射.
- 确保了与Linux环境的兼容性,并提供了Docker图像以方便安装.
主要成果:
- PhytoPipe成功地从HTSRNA-seq数据中检测出病毒,病毒,细菌 (包括植物质),真菌和菌体.
- 该管道生成了全面的报告,以便轻松解释植物卫生状况.
- PhytoPipe是用户友好的,并提供集成的分析和可视化.
结论:
- PhytoPipe提供了一种集成解决方案,用于分析HTS数据以检测各种植物病原体.
- 该工具可以在Linux/Mac系统上轻松安装,并可以通过Docker.
- PhytoPipe在GitHub和Docker Hub上免费提供,支持常规病原体检测.
