使用长读PCR-cDNA测序的胆感染的Sengon (Falcataria falcata) 幼苗的转录组数据集
Aditya Nugroho1, Iskandar Zulkarnaen Siregar2, Deden Derajat Matra3
1Tropical Silviculture Study Program, Graduate School of IPB University, Bogor, Indonesia.
Data in brief
|December 14, 2023
概括
这项研究揭示了 (Falcataria falcata) 幼苗对胆 (Uromycladium falcatariae) 感染有反应的关键基因表达变化. 了解这些差异表达基因 (DEGs) 提供了对sengon的洞察力.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 林业林业 林业 林业 林业
背景情况:
- (Falcataria falcata) 是印度尼西亚爪的一个重要的木材物种.
- 由Uromycladium falcatariae引起的胆病构成了重大管理挑战.
- 研究子中的基因表达对于了解胆汁生的抵抗机制至关重要.
研究的目的:
- 在人工注射Uromycladium falcatariae后分析sengon幼苗的基因表达模式.
- 识别与抗性和容易发生胆汁生相关的差异表达基因 (DEGs).
- 为未来的研究提供转录基因资源,以研究-生相互作用.
主要方法:
- 总RNA从接种后的7,21和35天内从注射和对照segon苗木中提取.
- 使用牛津纳米孔技术 (PCR-cDNA测序协议,SQK-PCB109) 进行了RNA测序.
- 使用RATTLE和TransDecoder程序进行了转录组组装和开放阅读框架 (ORF) 预测.
主要成果:
- 每个样本的RNA测序产生了1.31.9万个总读数.
- 收集了21,819个全长成绩单和2,342个预测ORF的成绩单.
- 分析显示,相比于易受影响的抗性龙系中,有1,013个上调和1,130个下调的DEG.
结论:
- 该研究确定了特定的DEGs,这些DEGs参与了对胆汁生感染的sengon反应.
- 这些转录基因数据为开发耐药的贡品种提供了基础.
- 这些发现有助于改进对农场胆病的管理策略.
关键词:
长读序列的测序方式工厂防御系统的工厂防御系统电阻 电阻 电阻 电阻 电阻 电阻在 Sengon 和 Sengon 之间.乌罗米克拉 (Uromycladium falcatariae) 是一种的植物.更多相关视频
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