在传染病中,基于放大对抗无放大元基因组下一代测序测试的临床应用
Zhe-Ying Wang1,2, Lu-Lu Li1, Xue-Lei Cao1,2
1Department of Clinical Laboratory, Qilu Hospital of Shandong University, Jinan, Shandong, China.
Frontiers in cellular and infection microbiology
|December 14, 2023
概括
传染病 (ID) 诊断的元基因组下一代测序 (mNGS) 方法具有不同的临床性能. 基于放大功率的mNGS显示出更高的灵敏度,但需要进一步的方法精细化,以便可靠的ID检测.
科学领域:
- 临床微生物学 临床微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 传染病诊断 传染病诊断 传染病诊断
背景情况:
- 下一代元基因组测序 (mNGS) 是传染病 (ID) 诊断的强大工具.
- 在mNGS的方法变化可能会影响临床性能.
- 这项研究研究了mNGS在IDs的DNA检测中的临床应用.
研究的目的:
- 分析方法因素对mNGS在ID诊断中的表现的影响.
- 为了比较基于放大与无放大mNGS的临床效用.
- 评估mNGS对抗生素治疗决策的影响.
主要方法:
- 分析了98个可疑ID患者样本,使用基于放大的mNGS.
- 在41个样本上进行了基于放大和无放大的mNGS.
- 两种mNGS方法之间的微生物识别和临床结果的比较.
主要成果:
- 较高的核酸度与更好的微生物检测相关.
- 阅读深度和人类阅读比例对识别的影响最小.
- 基于放大和无放大的mNGS之间的一致性为80.5%.
- 基于放大功率的mNGS显示了16.7%的更高灵敏度,但有4个错误阳性.
- 经验性抗生素治疗在18名患者中根据意外的病原体发现进行了调整.
结论:
- 基于放大和无放大的mNGS对于ID诊断都有明显的优点和缺点.
- 进一步的方法探索对于优化mNGS临床应用至关重要.
- 标准化程序和先进技术将加强mNGS在ID诊断和抗生素管理中的作用.
