从被囚禁的中国森林鹿 (Moschus berezovskii) 的转录组中获取和应用SSR标记物
Jing Yang1, Weiqiang Luo1, Yangyang Geng1
1Shaanxi Key Laboratory for Animal Conservation, Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, College of Life Sciences, Northwest University, 710069, Xi'an, China.
Biochemical genetics
|December 14, 2023
概括
新的简单序列重复 (SSR) 标记被开发用于危的森林香鹿 (Moschus berezovskii). 这些遗传标记有助于评估和保护这种医学上重要的物种的多样性.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 保护生物学 保护生物学
- 野生动物管理 野生动物管理
背景情况:
- 森林香鹿 (Moschus berezovskii) 是一个临灭绝的物种,对药用香生产至关重要.
- 由于单一的来源和有限的遗传信息,目前的农业实践缺乏遗传多样性.
- 开发新的遗传标记对于识别生殖质和管理森林鹿种群至关重要.
研究的目的:
- 为森林香鹿开发新的多态简单序列重复 (SSR) 标记物.
- 通过使用这些新标志物,评估农业林中香鹿种群中的遗传多样性.
- 为有效的繁殖规划和森林香鹿生殖质资源的保护提供工具.
主要方法:
- 从骨髓衍生的介质细胞构建了一个cDNA库,用于转录组测序.
- 执行 de novo 组装和注释测序数据以识别SSR.
- 设计并验证了100个原料对,识别了9个多态SSR标记物,用于种群遗传分析.
主要成果:
- 产生了6.07GB的清洁数据,组装成138,591个转录和81,553个单基因.
- 确定了5777个SSR,其中有578种重复模式类型;单核和三核酸是最常见的.
- 开发了9个多态SSR标记,显示了在2个农场的122头鹿中显著的遗传多样性 (每位位基因:4-15) 和异构性 (HO:0.102-0.941,HE:0.111-0.651).
结论:
- 成功开发了9种多态SSR标记物用于森林香鹿 (Moschus berezovskii).
- 这些标志物有效地揭示了农场种群中的遗传多样性,显示出显著的异构性.
- 开发的SSR为未来的育种计划和对这个危物种的保护工作提供了宝贵的工具.
