iProPhos:一个基于Web的交互平台,用于整合蛋白质和蛋白质分析
Jing Zou1, Ziran Qin1, Ran Li2
1The Second Affiliated Hospital and Life Sciences Institute and School of Medicine, The MOE Key Laboratory of Biosystems Homeostasis and Protection and Zhejiang Provincial Key Laboratory for Cancer Molecular Cell Biology, Zhejiang University, Hangzhou, China.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|December 14, 2023
概括
iProPhos是一个新的网络工具,用于分析癌症蛋白质组学数据. 它帮助研究人员探索质谱数据,识别药物点,了解疾病生物学.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 癌症研究 癌症研究
背景情况:
- 大规模的奥米克研究产生了大量的蛋白质组学数据.
- 基于网络的有限工具阻碍了蛋白质组学数据的重用.
- 癌症蛋白质组学提供了超越基因组数据的洞察力.
研究的目的:
- 介绍iProPhos,一个用户友好的网络服务器用于蛋白质组学数据分析.
- 实现蛋白质组学和蛋白质组学数据的交互和可定制分析和可视化.
- 促进新型治疗点的发现和癌症生物学的理解.
主要方法:
- 综合了来自CPTEC的1444个瘤和746个正常样本,涉及12种癌症类型.
- 开发了配置文件,差异表达,生存和相关性分析的功能.
- 包括蛋白质与蛋白质相互作用,激酶基质和功能丰富分析.
- 启用用户数据上传以进行个性化分析.
主要成果:
- 证明了 iProPhos 识别潜在药物标和上游激酶的能力.
- 展示了分析结果的交互式可视化.
- 促进了蛋白质-蛋白质,mRNA-蛋白质和酶-基质相关性分析.
- 提供功能和酶基质丰富分析.
结论:
- iProPhos有效地利用癌症蛋白质组学中的大数据.
- 加快新型治疗点的发现.
- 为研究人员提供可访问的蛋白质组学数据分析和可视化工具.
更多相关视频
12:23Phosphopeptide Enrichment Coupled with Label-free Quantitative Mass Spectrometry to Investigate the Phosphoproteome in Prostate Cancer
Published on: August 2, 2018
12.2K
10:37Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification
Published on: November 15, 2017
12.0K
