实时开放源码FLIM分析实时
Kevin K D Tan1,2, Mark A Tsuchida2, Jenu V Chacko2
1Department of Biomedical Engineering, University of Wisconsin, Madison, WI, United States.
Frontiers in bioinformatics
|December 15, 2023
概括
我们开发了第一个开源的实时分析工具,用于光终身成像显微镜 (FLIM) 数据. 这种工具可以在成像过程中进行即时质量评估,减少会议时间和样品损坏.
科学领域:
- 显微镜的使用方法
- 生物光子学 生物光子学
- 数据分析 数据分析
背景情况:
- 光终身成像显微镜 (FLIM) 提供了对光微环境的定量见解.
- 传统的FLIM分析,特别是与时间相关的单光子计数 (TCSPC) 的分析,是耗时的,并且在采集后进行.
- 这种延迟导致数据质量的不确定性,延长成像时间,以及潜在的光漂白或光损伤.
研究的目的:
- 引入第一个开源程序,用于实时在样本扫描期间进行FLIM数据分析.
- 为了能够在飞行中评估FLIM数据质量,提高效率并减少敏感样本的风险.
- 将实时计算和可视化功能与现有的采集软件集成.
主要方法:
- 开发了一个开源的实时FLIM查看器作为Napari插件.
- 从采集软件 (例如,OpenScan) 集成的实时数据传输.
- 实现了相位分析和快速寿命确定 (RLD),以获得即时的结果.
主要成果:
- 该工具在获取过程中提供实时FLIM数据质量评估.
- 有助于早期识别FLIM签名和潜在问题.
- 显著加快成像过程,特别是在活生物样本.
结论:
- 这种实时分析方法提高了FLIM实验的效率和可靠性.
- 它最大限度地减少了扩展成像会话的需要,保持了样本的完整性.
- 开源性质促进了可访问性和定量FLIM的进一步发展.
