通过一种新的基于下一代测序的高分辨率新方法对欧洲Toxoplasma gondii菌株进行基因型鉴定

科学领域:

• 兽医寄生虫学 兽医寄生虫学
• 分子流行病学分子流行病学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 毒素是全球重要的原生动物寄生虫.
• 对T. gondii菌株的准确类型化对于流行病学研究和疫情调查至关重要.
• 现有的类型化方法可能缺乏分辨率来区分密切相关的菌株,特别是在欧洲共同的II型血统中.

研究的目的:

• 建立基于下一代测序 (NGS) 的高分辨率方法,用于类型密切相关的欧洲II型Toxoplasma gondii菌株.
• 为T. gondii.开发一个多部位离子AmpliSeq类型化方法.
• 评估新型打字方法的敏感性和歧视力.

主要方法:

• 全基因组测序 (WGS) 在欧洲T. gondii现场分离物上进行.
• 通过将分离物与ME49参考菌株进行比较,确定了具有单核酸多态性 (SNP) 的高多态区域 (HPR).
• 一个用于多重PCR的初始面板是基于18个HPR设计的,以创建Ion AmpliSeq类型方法.
• 该方法使用T. gondii分离物,临床样本和连续稀释的DNA进行了验证.

主要成果:

• 离子AmpliSeq方法证明了与II型标本的传统微观卫星 (MS) 类型相等的单双类型歧视.
• 从堕胎爆发的相同通道和隔离物被正确地确定.
• 七种不同的基因型,包括两种非典型和两种复合菌株,被明确区分出来.
• 通过Ion AmpliSeq方法检测到的SNP与WGS数据非常相匹配.
• 分析灵敏度与MS类型的分析灵敏度相当.

结论:

• 开发的基于NGS的方法有效地区分T. gondii的基因型,并检测欧洲II型菌株内的基因型内变异性.
• 该方法为流行病学监测和研究提供了高分辨率.
• 从WGS数据中整合额外的目标区域可以进一步提高打字分辨率.