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Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries
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一个大规模的测序突变库 - 宝贵的逆转基因资源,涵盖98%的基因
Yinping Jiao1, Deepti Nigam1, Kerrie Barry2
1Department of Plant and Soil Science, Institute of Genomics for Crop Abiotic Stress Tolerance, Texas Tech University, Lubbock, Texas, 79409, USA.
The Plant journal : for cell and molecular biology
|December 15, 2023
概括
有950万个由乙基甲硫酸盐 (EMS) 引起的突变的新突变种群为作物改进提供了宝贵的资源. 这种大规模的测序数据集有助于功能基因组学和发现的新特性.
科学领域:
- 植物生物学 植物生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 农作物科学 农作物科学
背景情况:
- 突变种群对于功能基因组学和确定作物育种新特征至关重要.
- 是一种耐旱和耐热的C4作物,需要大量的突变资源来改进.
- 需要一个大规模的,注释和测序的突变资源来推进麦的功能基因组学.
研究的目的:
- 报告一个大规模测序的果突变种群.
- 为功能基因组学研究和作物改进提供资源.
- 分析的突变分布和选择模式.
主要方法:
- 在BTx623.3杂交线中诱导950万个乙基甲硫酸盐 (EMS) 诱导的突变.
- 突变种群的全基因组测序. 突变种群的全基因组测序.
- 突变分布的生物信息分析和与协会小组 (SAP) 的比较.
主要成果:
- 突变种群覆盖了的98%的注释基因.
- 在促进器和增强器区域中确定了超过61万种突变,这对cis-regulatory元素研究有价值.
- 与SAP中选择的变异不同,EMS诱导的突变是随机分布的,表明突变库 (Ka/Ks ~1) 中的选择最小.
结论:
- 大规模测序的木突变种群是功能基因组学和作物育种的关键资源.
- 这种资源丰富了的基因库,带来了新的多样性.
- 通过SorbMutDB和SorghumBase访问的数据,可以推进Poaceae家族的植物生物学和作物改进.
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