TCGAplot:用于整合性泛癌分析和可视化TCGA多omics数据的R包

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 全癌症分析调查了不同类型的瘤中基因组和细胞变化的共同点和异质性.
• 癌症基因组图谱 (TCGA) 计划提供了多个omics数据,包括基因表达,瘤突变负担 (TMB),微卫星不稳定性 (MSI),瘤免疫微环境 (TIME) 和甲基化.
• 现有的TCGA数据分析在线工具通常具有单一功能或缺乏用户定义的分析功能.

研究的目的:

• 开发一个R包,TCGAplot,用于全面的泛癌分析和可视化.
• 通过为TCGA多omics数据提供多功能和用户定义的分析功能来解决现有工具的局限性.

主要方法:

• 该TCGAplot R包集成和可视化来自TCGA的多omics数据.
• 它提供了差异基因表达分析 (配对/不配对),相关性分析 (用TMB,MSI,TIME,甲基化进行基因表达) 和各种可视化图 (盒子图,生存图,ROC,热图,散射图,雷达图,森林图) 的功能.
• 该软件包支持基于基因组的泛癌和瘤特异性分析,并允许为用户定义的功能提取数据.

主要成果:

• TCGAplot促进了对/不对的差异性基因表达和多种癌症类型的相关性分析.
• 它提供了广泛的可视化工具,用于探索复杂的多omics数据.
• 该软件包允许基于基因组的分析,并允许用户提取用于定制分析的数据,从而提高了方便性.

结论:

• 一个R包TCGAplot已经开发用于集成的泛癌分析和TCGA多omics数据的可视化.
• TCGAplot为研究人员提供了一个多功能平台,以探索癌症基因组学和生物标志物.
• 源代码和预先构建的软件包在GitHub上公开提供.