FLiPPR:一个在FragPipePipe上构建的有限蛋白解 (LiP) 质谱数据集的处理器
Edgar Manriquez-Sandoval1,2, Joy Brewer3, Gabriela Lule1
1Department of Chemistry, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21218, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|December 18, 2023
概括
我们开发了FLiPPR (FragPipe LiP处理器),以简化有限蛋白解质质谱 (LiP-MS) 数据分析. 该工具增强了从LiP-MS实验中蛋白质结构变化的解释.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 结构生物学 结构生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 有限蛋白解质量谱法 (LiP-MS) 提供了全蛋白质组的蛋白质结构洞察力.
- 分析LiP-MS数据带来了独特的挑战,并且可能耗时.
- 现有的工作流程缺乏对LiP-MS数据的标准化统计程序.
研究的目的:
- 推出FLiPPR (FragPipe LiP处理器),这是一个用于LiP-MS数据分析的新工具.
- 为了提高LiP-MS数据集的稳定性和减少冗余性.
- 促进LiP-MS数据分析的采用和标准化.
主要方法:
- 利用FragPipe进行敏感的搜索和无标签的量化.
- 针对缺失的 LiP-MS 数据实施特定的数据归算启发式.
- 引入一个新的数据合并方案 (离子到切割点) 和以蛋白质为中心的多重假设校正.
主要成果:
- FLiPPR 正式化数据归算,以确定重大结构变化.
- 新的合并和校正方案产生了更强大的,更少冗余的LiP-MS数据集.
- 使用FragPipe/FLiPPR重新分析已公布的数据,加强了统计趋势.
结论:
- FLiPPR降低了 LiP-MS 采用的障碍.
- 该工具标准化了用于LiP-MS数据分析的统计程序.
- FLiPPR系统化输出,用于大规模集成LiP-MS数据.


