在酵母中单细胞eQTL映射揭示了生长和繁殖之间的权衡
James Boocock1,2,3, Noah Alexander1,2,3, Leslie Alamo Tapia1,2,3
1Department of Human Genetics, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|December 18, 2023
概括
单细胞RNA测序揭示了酵母细胞细胞周期中的表达定量特征位点 (eQTLs) 效应. 一个GPA1变异影响交配效率和细胞周期,显示遗传变异对特征的影响.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 表达量的特征位点 (eQTLs) 将DNA变异与特征联系起来.
- 大量基因表达研究掩盖了细胞类型和细胞状态特定的eQTL效应.
研究的目的:
- 开发和应用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 方法,用于在酵母中进行高分辨率的eQTL映射.
- 研究eQTL效应如何随细胞周期阶段的变化而变化,并确定对细胞周期进展和交配的遗传影响.
主要方法:
- 在超过10万个酵母细胞中开发了一种单一的scRNA-seq方法,用于同时进行基因类型和基因表达测量.
- 按细胞周期阶段分类细胞以分析eQTL和基因表达噪声.
- 绘制了局部和远程eQTL,包括与细胞周期阶段的相互作用.
主要成果:
- 数以千计的本地和远程eQTL被确定,数千个显示细胞周期依赖的效应.
- 数百个基因对表达噪声表现出异位基因特异性影响.
- 绘制了20个影响细胞周期进展的位置,包括影响交配和细胞周期的GPA1变体 (W82R).
结论:
- scRNA-seq提供了基因变异对基因表达和特征的影响的细粒度视图.
- 一种GPA1变种调节交配效率和细胞周期进展,这对自然外交率有影响.
- 这种方法揭示了复杂的基因型对细胞状态的相互作用,影响着生物体的表型.
