一个基于amplicon的Illumina和纳米孔测序工作流程用于西非Chikungunya病毒基因型西非基因型
Idrissa Dieng1, Mignane Ndiaye1, Mouhamed Kane1
1Virology Department, Institut Pasteur de Dakar, Dakar 220, Senegal.
medRxiv : the preprint server for health sciences
|December 18, 2023
概括
西非 Chikungunya 病毒 (CHIKV) 爆发是由西非基因型驱动的,新突变正在出现. 一种全基因组测序的新方法有助于实时监测这种全球性树冠病毒.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 奇孔古尼亚病毒 (CHIKV) 是一种重要的全球性树冠病毒,目前正在西非,特别是塞内加尔和布基纳法索造成重大爆发.
- 分子进化研究表明,流行病菌株是西非基因型,表现出可能影响病毒性质的突变.
- 需要实时基因组监测来追踪CHIKV的传播并了解其演变.
结论:
- 开发的WGS方法为西非CHIKV的实时基因组监测提供了一个强大的工具.
- 基因组监测对于了解病毒演变,传播和为公共卫生响应提供信息至关重要.
- 这种技术进步支持积极识别与 Chikungunya 病毒相关的新兴威胁.
