V-primer:软件用于从多样本变异调用格式 (VCF) 基因型化数据中高效设计全基因组的InDel和SNP标记物
Satoshi Natsume1, Kaori Oikawa1, Chihiro Nomura1
1Department of Genomics and Breeding, Iwate Biotechnology Research Center, 22-174-4 Narita, Kitakami, Iwate 024-0003, Japan.
Breeding science
|December 18, 2023
概括
V-primer是一种新的软件,可以有效地设计DNA标记物,如插入/删除,分裂放大多态序列和单核酸多态 (SNP) 标记物,这些标记物来自下一代测序数据,用于作物育种和基因组学研究.
科学领域:
- 遗传学和基因组学 遗传学和基因组学
- 植物育种 植物育种
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因标记物对遗传学,基因组学和作物育种至关重要,特别是在标记物辅助选择中.
- 下一代测序 (NGS) 促进了大规模的DNA多态性识别,使得DNA标记物设计更容易获得.
- 现有的原始设计工具对于从NGS数据设计全基因组标记器是不够的.
研究的目的:
- 开发V-primer,这是一个高通量软件,用于设计多种多样的全基因组DNA标记物.
- 为了解决当前软件在处理NGS数据以设计标记器时的局限性.
- 在各种作物物种中验证V-primer设计的标记物的实用性.
主要方法:
- 开发V-primer软件,用于设计插入/删除,分裂放大多态序列和单核酸多态 (SNP) 标记器.
- 应用V-primer来设计来自下一代测序数据的标记器.
- 在不同作物物种中验证设计的标记物.
- 使用V-primer.设计的SNP标记器进行多重PCR向安普利康测序.
主要成果:
- V-primer可实现插入/删除,分离放大多态序列和SNP标记的高通量设计.
- 该软件有效用于从下一代测序数据设计标记.
- 使用V-primer设计的标记器在各种作物物种中得到了成功验证.
- 通过使用V-primer设计的SNP标记物进行多重PCR和amplicon测序.
结论:
- V-primer为全基因组DNA标记器提供了高效和准确的原始设计.
- 该软件是遗传学,基因组学和作物育种应用的宝贵工具.
- V-primer支持在作物中推进标记辅助选择和基因组研究.
