化学小非编码RNA的计算分析教程:目标RNA测序库

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 生物化学方法,包括嵌合式RNA测序,已经对小型非编码RNA (sncRNA) 和它们的点之间的体内基因调控相互作用有了更深入的了解.
• 与miRNA预测软件相比,基因组RNA测序数据集提供了全基因组和不那么模糊的见解.
• 分析仿真RNA测序数据需要计算专业知识,这对许多生物学家来说是一个障碍.

研究的目的:

• 为初级计算生物学家提供一个关于安装和应用小化学RNA分析管道 (SCRAP) 的教程.
• 为了降低生物学家从仿真RNA测序数据中获得洞察力的计算障碍.
• 促进对调控性sncRNA:目标RNA相互作用的基于发现的调查.

主要方法:

• 安装和应用开源的小型化学RNA分析管道 (SCRAP).
• 管道步骤的解释和关键用户输入变量的操纵.
• 对于SCRAP工具的平台要求和更新.

主要成果:

• 该教程提供了明确的使用SCRAP的说明.
• 该SCRAP工具简化了对仿真RNA测序数据的分析.
• 该报告旨在为生物学家提供用于生物发现的计算工具.

结论:

• 软件工具SCRAP降低了生物学家分析仿真RNA测序数据的障碍.
• 对sncRNA:目标RNA相互作用的简化分析可以加速基因调节方面的发现.
• 本资源支持更广泛地采用生物化学方法来研究基因调节.