纳米孔适应性采样丰富了微生物群落中的抗菌素耐药性基因

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 基因组监测是指基因组的监测.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 抗菌素耐药性 (AMR) 构成了全球健康的重大风险.
• 环境微生物群落含有AMR基因和选择性压力.
• 对这些水库的基因组监测对于了解抗菌药物耐药性动态至关重要.

研究的目的:

• 评估纳米孔测序和适应性采样,以丰富抗微生物耐药性 (AMR) 基因.
• 在复杂的环境微生物群落中评估适应性采样的有效性.
• 改进对抗药物耐药性储库的基因组监测.

主要方法:

• 使用纳米孔测序 (MinION mk1B) 在GPU (NVIDIA Jetson Xavier) 上进行自适应采样.
• 在模拟环境微生物社区中测试了AMR基因的丰富.
• 将该方法应用于多样化的环境样本.

主要成果:

• 根据成分对目标AMR基因进行一致丰富的自适应采样.
• 平均而言,适应性采样的目标成分是适应性采样的4倍.
• 适应性采样在大多数复制品中增加了目标产量,尽管总测序输出量减少.

结论:

• 纳米孔测序与适应性采样有效丰富环境样本中的AMR基因.
• 这种方法增强了对抗药物耐药性储库的基因组监测.
• 该方法为AMR的演变和传播提供了快速和灵活的见解.