一个低成本,低投入的方法建立m6A MeRIP-seqq
Wenjuan Xia1, Ling Guo1, Huapeng Su1
1State Key Laboratory of Reproductive Medicine and Offspring Health, Suzhou Affiliated Hospital of Nanjing Medical University, Suzhou Municipal Hospital, Gusu School, Nanjing Medical University, Suzhou, 215002, China.
Bioscience reports
|December 19, 2023
概括
一项新的研究表明,CST的抗m6A抗体使用MeRIP-seq.有效地映射了N6-甲基氨酸 (m6A) RNA修饰的N6-甲基氨酸. 这种成本效益较高的替代品用于停止使用的米利波尔抗体,在较低剂量下提供类似的结果,使得大规模的m6A转录组分析成为可能.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
背景情况:
- N6-甲基氨酸 (m6A) 是一种流行的mRNA修饰,调节细胞功能.
- m6ARNA免疫沉降测序 (MeRIP-seq) 对于识别m6A的位置至关重要.
- 广泛使用的米利波尔MABE572抗m6A抗体是昂贵的,并且已停止生产.
研究的目的:
- 评估CST的抗m6A抗体,作为MeRIP-seq.的成本效益和可获得的替代品.
- 为了比较基于CST抗体的MeRIP-seq与MABE572抗体的疗效.
- 为大规模的m6A转录组映射优化MeRIP-seq协议.
主要方法:
- 使用不同度的CST抗m6A抗体与HEK293T细胞RNA进行了MeRIP-seq.
- 在CST和Millipore图书馆之间比较了m6A峰值调用,图案丰富和替代拼接事件.
- 用两种抗体类型分析了m6A修改的核转录.
主要成果:
- 基于CST抗体的MeRIP-seq产生了与米利波尔MABE572抗体相比较的数据.
- 有效的m6A映射甚至在显著减少的CST抗体量的情况下也得到了实现.
- CST抗体显著降低了MeRIP-seq. 的成本和体积要求.
结论:
- CST的抗m6A抗体是MeRIP-seq.中MABE572的可行和经济的替代品.
- 这种精细的MeRIP-seq协议可以促进大规模的m6A转录组分析.
- 减少抗体的使用和成本使m6A测绘对研究人员更容易获得.
