与微流体卡一起进行的元转录数据挖掘揭示了饮用水源中的潜在病原体和季节性RNA病毒生态
Lixin Shen1, Ziqiang Zhang1, Rui Wang2
1Key Laboratory of Resource Biology and Biotechnology in Western China, Ministry of Education, Department of Microbiology, College of Life Sciences, Northwest University, Xi'an 710069, China.
Journal of applied microbiology
|December 22, 2023
概括
甲基转录组学揭示了饮用水中的多样性病毒群落,补充了病原体监测的微流体卡. 结合方法可以加强对人类病毒的追踪,尤其是在临床数据稀缺的情况下.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 大转录组学是病原体监测的一个新兴工具.
- 对于其在饮用水中追踪人类病原体的可行性,人们的理解有限.
研究的目的:
- 评估用于饮用水源病原体监测的元转录组学的可行性.
- 为了比较metatranscriptomics与微流体卡检测用于识别人类衍生的病原体.
- 为了研究饮用水中的病毒群体的季节性变化.
主要方法:
- 多重复合微流体卡和元转录组测序用于来自朝鲜边境城市的饮用水样本,跨越四个季节.
- 对检测到的病毒序列进行了遗传学分析.
- 超转录组件用于识别细菌和病毒物种.
主要成果:
- 微流体卡检测到了诺罗病毒,乙型肝炎病毒 (HBV),肠道病毒和Vibrio cholerae.
- 转录基因组学确定了349个物种级别的群体,揭示了大量的病毒多样性,包括新型皮科纳类病毒,但没有检测到诺罗病毒,HBV或Coxsackievirus A6 (CA6).
- 观察到不同的季节性病毒群落,冬季病毒的数量更高. 皮苏维鲁利科塔类 (Pisuvirulicota phylum) 主导着病毒组.
结论:
- 甲基转录和微流体卡显示不同的结果,表明在病原体检测中具有互补作用.
- 结合的方法提高了在具有挑战性的环境和有限的临床监测的人类病毒的源追踪.
- 这项研究突出了水传播病原体监测的综合分子方法的潜力.
