EWSR1::ATF1在人类瘤和小鼠遗传模型中编排清细胞肉瘤转录组

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 清细胞肉瘤 (CCS) 是一种罕见的,侵袭性的软组织恶性瘤.
• 它是由融合瘤基因驱动的,最常见的是EWSR1::ATF1,它重编程转录.
• EWSR1::ATF1的精确基因组结合分布和点基因在很大程度上是未知的.

研究的目的:

• 为了研究EWSR1::ATF1融合瘤基因的基因组结合分布.
• 为了识别由EWSR1::ATF1.1结合的新型DNA基因.
• 描述CCS中的超级增强剂及其与基因激活的关联.

主要方法:

• 生成了一个表达V5标记EWSR1::ATF1的小鼠模型,以复制人类的CCS.
• 对V5-EWSR1::ATF1进行了ChIP测序 (染色体免疫沉测序),以绘制其基因组结合部位.
• 在小鼠模型和人类CCS样本中对H3K27ac进行了ChIP测序,以确定像超级增强剂这样的活性调节元素.

主要成果:

• 识别了以前未报告的由EWSR1::ATF1结合的DNA基因,包括AP1基因和TGA重复基因.
• 这些TGA重复图案类似于Ewing肉瘤中EWSR1::FLI1所结合的图案,这表明共享的调节机制.
• 在小鼠模型和人类CCS中发现了共享的超级增强器结构,这些结构与激活的基因相关.

结论:

• EWSR1::ATF1与特定的DNA基因结合,提供了对其转录重编程的见解.
• 共享的超级增强器结构突出显示了CCS中保存的监管格局.
• 这些发现为了解CCS病原体和开发向治疗提供了基础.