使用NanoString的数字空间分析 (DSP) 技术进行可行性研究,以描述巴雷特食道中免疫微环境的特征
Qurat-Ul-Ain1, Nicola F Frei2, Amir M Khoshiwal2
1Department of Pathology, University of California, San Francisco, CA 94143, USA.
Cancers
|December 23, 2023
概括
使用空间分析研究巴雷特食道 (BE) 的微环境,揭示了进化为食道腺癌 (EAC) 的患者的关键蛋白质差异. 本研究确定了BE进展的潜在生物标志物.
科学领域:
- 胃肠病学 胃肠病学
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 巴雷特食道 (BE) 进展为食道腺癌 (EAC) 了解甚少.
- 瘤微环境在BE进展中的作用需要进一步研究.
- 需要新的EAC诊断和治疗方法.
研究的目的:
- 评估FFPE BE活检上多重空间分析的可行性.
- 为了确定免疫细胞和涉及到BE进展到EAC的途径.
- 发现潜在的生物标志物来预测BE进展.
主要方法:
- 在FFPE活检上使用NanoString GeoMx数字空间分析 (GeoMax DSP) 对49种蛋白质进行空间蛋白质分析.
- 从BE,发育不良和EAC组织中分析了1812个与癌症相关的转录的RNA分析.
- 在非进展性与进展性非失塑性BE (NDBE) 患者中的蛋白质表达的比较.
主要成果:
- GeoMx DSP 分析产生了高质量的数据,具有明显的表皮和层状细胞信号.
- 几种蛋白质在NDBE活检中表达增加,这些活检来自后来进展的患者.
- 蛋白质表达的差异表明BE进展中的潜在作用.
结论:
- 多重空间分析对分析FFPE样本中的BE微环境是有效的.
- 在NDBE中特定的蛋白质表达模式可以预测到EAC的进展.
- 需要进一步的研究来验证这些发现,并制定诊断/治疗策略.
