在环境样本中对细菌病原体和相关抗生素耐药性基因进行纳米孔测序评估

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 基因组监测是指基因组的监测.
• 公共卫生 公共卫生

背景情况:

• 环境监测对于跟踪疫情期间病原体的传播和演变至关重要.
• 了解水源中的微生物群落和抗生素耐药性基因 (ARG) 提供了对公共卫生风险的见解.

研究的目的:

• 评估纳米孔测序对于检测罗马尼亚市政水域和废水中的微生物病原体和ARG的有用性.
• 为了将病原体和ARG配置文件与特定的环境来源相关联,例如肉类加工设施.

主要方法:

• 利用纳米孔测序技术对水和废水样本进行元基因组分析.
• 收集了罗马尼亚各个市政水源的样本,包括肉类加工厂附近的样本.
• 分析了微生物群落的多样性 (Chao1,辛普森指数) 和丰富性,并确定了特定的细菌序列和家族.

主要成果:

• 来自肉类加工厂的废水显示微生物多样性减少 (Chao1: 101-108,Simpson: 0.86-0.91) 和 *Campylobacterales* 的统治地位.
• 其他市政水域的多样性更高 (Chao1: 172-214,Simpson: 0.97-0.98),主要家族为*Burkholderiaceae*和*Pseudomonadaceae*.
• 包括环素和氨基糖化物 (尼奥米辛,链杆菌素,托布拉米辛) 的ARG发生率受到样本取样地点与抗生素来源的接近程度的显著影响.

结论:

• 纳米孔测序是环境病原体和ARG监测的可访问和有效工具.
• 废水排放可能会对当地微生物群落和ARG概况产生重大影响.
• 环境监测可以识别与特定工业活动和抗生素使用有关的潜在公共卫生威胁.