研究病毒循环的局部模式,使用分子工具的组合
Ana M Gavilán1,2, Paula Perán-Ramos1, Juan Carlos Sanz2,3
1Centro Nacional de Microbiología, Instituto de Salud Carlos III, 28029 Madrid, Spain.
Viruses
|December 23, 2023
概括
尽管疫苗接种率很高,但病毒 (MuV) 重新出现. 测序小疏水性 (SH) 基因和非编码区域 (NCR) 有助于追踪西班牙的本地传播集群,尽管MF-NCR为疫情调查提供了有限的附加值.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 流行病学 流行病学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 病毒 (MuV) 仍然是一个公共卫生问题,因为它在高度接种疫苗的人群中再次出现.
- 世界卫生组织建议使用小疏水性 (SH) 基因进行分子监测.
- 结合SH和非编码区域 (NCR) 的测序已被证明在跟踪国家和国际MuV循环模式方面具有实用性.
研究的目的:
- 评估结合SH和MF-NCR测序的实用性,以识别局部疹传播集群和链.
- 分析西班牙马德里自治区最后一波 (2015-2020) 麻疹流行病浪潮.
主要方法:
- 创建了903例病例的数据库,整合了微生物学和流行病学数据.
- 基因型 453 个代表病例,重点关注 SH 基因测序.
- 用联合SH和MF-NCR测序对90例病例进行了基因组学分析,以调查传播集群.
主要成果:
- 在基因型的病例中检测到八种不同的SH变异和34种SH类型.
- 观察到的时间循环模式与国家一级数据一致.
- 使用SH变异的地理表征识别了以前未被检测到的本地传播集群.
- 与单独的SH测序相比,MF-NCR测序并没有显著改善地理集群的歧视,这表明详细的疫情调查的分辨率有限.
结论:
- 由MF-NCR分析补充的SH基因测序,对于识别本地麻传染集群非常有价值.
- 在本研究中,SH和MF-NCR测序的组合表明,对细度爆发调查的附加值有限.
- 分子监测策略应考虑不同遗传标记的分辨率限制,以有效的公共卫生干预.
