在多发性硬化症中对主要基因相容性复合物的高分辨率DNA甲基化查

科学领域:

• 遗传学和表观遗传学
• 神经免疫学 神经免疫学
• 基因组医学是基因组医学.

背景情况:

• 主体组织相容性复合体 (MHC) 区域,特别是HLA-DRB1基因,是多发性硬化症 (MS) 易感性的关键遗传决定因素.
• 表观遗传修饰,特别是MHC内的DNA甲基化变化,都与MS的发病有关.
• 现有的基因组方法在充分描述MHC地区表观遗传景观方面存在局限性.

研究的目的:

• 开发和验证一个有针对性的捕获协议,以便对MHC甲基化环境进行全面分析.
• 调查MS患者和健康对照者之间MHC区域的DNA甲基化差异.
• 探索MHC遗传变异,DNA甲基化和MS风险之间的相互作用.

主要方法:

• 开发并验证了一种MHC捕获协议与二硫酸盐测序相结合.
• 分析了来自147名从未接受过治疗的多发性硬化症患者和129名健康对照者的血液样本中的DNA甲基化模式.
• 整合了甲基组数据与人类白细胞抗原 (HLA) 遗传数据,并进行了甲基化定量特征位置 (mQTL) 和因果推断测试 (CIT).

主要成果:

• 在MHC中确定了132个与MS状态相关的差异甲基化区域 (DMR),与已知的MS风险位置重叠.
• 在MHC甲基化变化和HLA基因型之间展示了显著的关联.
• 发现了643个cis-mQTL-DMR关联,其中71个DMR可能介导55个单核酸多态 (SNP) 和MS风险之间的因果关系.

结论:

• 在MHC区域内已经确定了与MS相关的DNA甲基化变化.
• 这项研究强调了HLA基因型和MHC中的甲基化模式之间的显著关联.
• 这些发现提供了MHC遗传变异,表观遗传修饰和多发性硬化症风险之间的联系的证据.