在墨西哥的第四次COVID-19浪潮期间,使用基于废水的流行病学检测和识别Omicron和Delta变体的流行率
Alberto Aguayo-Acosta1,2, Mariel Araceli Oyervides-Muñoz1,2, Kassandra O Rodriguez-Aguillón1,2
1Tecnologico de Monterrey, Institute of Advanced Materials for Sustainable Manufacturing, Monterrey, Mexico.
IJID regions
|December 27, 2023
概括
在COVID-19第四波期间,在墨西哥各地发现了SARS-CoV-2的Delta和Omicron变种. 这项研究证明了一种可行的基于PCR的方法,用于在全国范围内检测变种.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
背景情况:
- 由SARS-CoV-2引起的COVID-19大流行,其特点是出现了众多变种.
- 在大流行第四波期间,三角洲和Omicron变种对全球健康产生了重大影响.
- 监测这些变种的地理分布对于公共卫生战略至关重要.
研究的目的:
- 在大流行第四波期间,检测和识别墨西哥的SARS-CoV-2 Delta和Omicron变种.
- 评估这些变种在墨西哥18个州的地理分布.
- 评估一种突变检测面板套件作为一种变种识别方法.
主要方法:
- 从墨西哥18个州的19个地点收集了样本.
- 通过PEG/NaCl沉来缩遗传物质.
- 通过逆转录酶-定量聚合酶链反应 (RT-qPCR) 确认了SARS-CoV-2的存在.
- 变种检测使用商业突变检测面板套件,并通过对受体结合域的amplicon测序进行确认.
主要成果:
- 在2021年8月至12月的样本中检测到的Delta变异是在Querétaro,CDMX,Aguascalientes,Ciudad Juárez和Nuevo Leon.
- 欧米克朗变种 (BA.1) 仅在2022年1月至3月期间被确认.
- 在研究期间,六个样本产生了"变量未确定"的结果.
- 该研究覆盖了墨西哥56%的州,表明广泛的地理监测.
结论:
- 这项研究代表了在墨西哥和拉丁美洲使用PCR识别Omicron和Delta变种的第一份报告之一.
- 这些发现强调了突变检测面板对于广泛的变种监测的实用性.
- 描述的方法提供了一个具有成本效益和高效的替代方案,用于在临床环境中检测变异的广泛测序.
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