在对调控序列的积极选择的基因组测试中发现偏差
Daohan Jiang1,2, Jianzhi Zhang1
1Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, USA.
Molecular biology and evolution
|December 27, 2023
概括
一种检测转录因子结合位点 (TFBS) 阳性选择的新方法可能会高估进化变化. 这项研究揭示了一个确定偏差,它膨胀了假阳性率,这表明以前报告的选择信号可能是不准确的.
科学领域:
- 进化基因组学是进化的基因组学.
- 分子进化是分子进化的过程.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 调节性变化对适应性进化至关重要,但如果没有明确的选择零假设,很难识别它们.
- 机器学习的进步使得能够预测转录因子 (TF) 的结合亲缘关系,促进了检测转录因子结合位点 (TFBS) 选择的新方法.
研究的目的:
- 评估最近开发的基因组测试,以对TFBS进行阳性选择.
- 识别和解决现有方法检测适应性 cis-regulatory 进化的潜在偏差.
主要方法:
- 计算机模拟用于模拟TFBS选择测试在不同条件下的行为.
- 分析的重点是确定确定偏差在整个进化时间的TF结合亲和关系的预测.
- 开发和测试了减轻确定偏差的方法.
主要成果:
- 对TFBS的阳性选择的基因组测试表现出确定偏差,即使没有阳性选择,也有利于结合亲和关系的增加.
- 这种偏见显著膨胀了假阳性率,导致了关于适应性进化的潜在错误结论.
- 应用偏差缓解方法导致以前报告的积极选择信号在很大程度上消失.
结论:
- 对TFBS的阳性选择的基因组测试由于确定偏差而不可靠.
- 需要仔细考虑和纠正确定偏差,才能准确地推断 cis-regulatory 演变.
- 大多数先前在人类TFBS上发现的积极选择信号可能并不强大.
