从脑脊液中分离无细胞DNA的协议的优化
Ho Hyun Song1, Hyeran Park2, Doohwan Cho3
1Department of Interdisciplinary Program in Biomedical Science, Graduate School, Soonchunhyang University, Asan, Korea.
Annals of laboratory medicine
|December 28, 2023
概括
这项研究优化了从脑脊液 (CSF) 中分离的无细胞DNA (cfDNA) 以供临床使用. 基于磁珠的隔离产生了更多cfDNA,真空应用提高了度,改善了体外诊断 (IVD) 测试.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分子生物学分子生物学
- 临床诊断 临床诊断 临床诊断
背景情况:
- 目前缺乏用于从脑脊液 (CSF) 中分离无细胞DNA (cfDNA) 的标准化协议.
- 准确的cfDNA量化对于体外诊断 (IVD) 应用至关重要,特别是在瘤学中.
- 从CSF中优化cfDNA分离对于推进液体活检技术至关重要.
研究的目的:
- 建立和优化专门用于临床CSF标本的cfDNA隔离协议.
- 为了比较基于柱 (CB) 和基于磁珠 (MB) 的cfDNA隔离方法从CSF的效率.
- 提高cfDNA产量和度,以改善IVD测试中的ctDNA检测.
主要方法:
- 开发了一种修改后的cfDNA隔离协议,使用人工的脑脊液和参考无细胞瘤DNA (ctDNA) 添加.
- 对IVD认证的CB和MB隔离套件的产量进行比较,包括前后分离步骤等修改.
- 使用滴滴数字PCR (ddPCR) 来评估IDH1 R132C突变的ctDNA完整性和变异性等位基因频率 (VAF).
主要成果:
- 基于磁珠 (MB) 的隔离表明,与基于柱 (CB) 的隔离相比,cfDNA产量显著更高 (P<0.0001).
- 隔离后的真空应用有效地增加了这两种方法的最终cfDNA度.
- 真空步骤对分离的cfDNA的完整性产生了最小的影响.
结论:
- 开发的协议有效地最大化了CSF-ctDNA度,这对于敏感的IVD测试至关重要.
- 对于从CSF标本中恢复cfDNA,MB隔离优于CB隔离.
- 优化的隔离协议对于基于CSF的液体活检和未来的临床研究的进步至关重要.
