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Updated: Jul 7, 2025
10:06
Cell Type-specific Gene Expression Profiling in the Mouse Liver
Published on: September 17, 2019
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单细胞和时空转录组分析揭示了微生物对小鼠肝脏免疫和新陈代谢的影响
Ruizhen Zhao1,2, Wei Cheng3, Juan Shen2
1College of Life Sciences, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China.
Computational and structural biotechnology journal
|December 28, 2023
概括
没有肠道微生物在无菌小鼠显著改变肝脏免疫细胞群和代谢功能,特别是影响胆酸和脂质代谢. 这凸显了肠肝轴在维持肝脏平衡中的关键作用.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 肝病学 肝病学是一种肝病学.
- 系统生物学 系统生物学
背景情况:
- 肠-肝轴描述了肠和肝之间的通信,受微生物代谢产品的影响.
- 在无菌环境中,肝功能会发生变化,但微生物对细胞和分子的影响仍未得到充分研究.
- 了解宿主微生物群相互作用对于肝脏健康至关重要.
研究的目的:
- 研究肠道微生物对肝功能细胞和分子的影响.
- 为了比较无细菌 (GF) 和无特定病原体 (SPF) 的小鼠的肝脏微环境.
- 阐明微生物殖民对免疫细胞群和肝脏代谢途径的影响.
主要方法:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和单核RNA测序 (snRNA-seq) 的小鼠肝脏.
- 空间转录基因 (ST) 分析,包括立体测量,用于空间基因表达分析.
- 非向的代谢组学来分析肝脏代谢物概况.
主要成果:
- 没有细菌的小鼠肝脏显示出免疫细胞比率的改变,自然杀手T (NKT) 细胞,IgA血细胞 (IgAs) 和Kupffer细胞 (KCs) 的显著减少.
- 空间转录组学证实了微生物对库普弗细胞积累的影响,并揭示了GF和SPF小鼠之间明显的IgA血细胞分布模式.
- 在GF小鼠中降低酸水平与改变的胆酸和脂肪酸代谢基因相关.
结论:
- 肠道微生物组极大地影响肝脏免疫细胞的组成和空间组织.
- 微生物殖民影响肝脏代谢过程,包括胆酸和脂质代谢.
- 综合的多omics方法揭示了肠肝轴在单细胞和空间层面对肝脏稳态的深刻影响.
