一个新的吸收学工作流程,包含FeatureHunter软件:快速检测核酸修饰,用于研究暴露体
Chiung-Wen Hu1, Yuan-Jhe Chang2, Wei-Hung Chang3
1Department of Public Health, Chung Shan Medical University, Taichung 402, Taiwan.
Environmental science & technology
|December 28, 2023
概括
一个新的软件,FeatureHunter,自动识别核酸 (NA) 修改. 该工具通过处理来自高分辨率质谱学的复杂数据来帮助NA adductomics研究,促进化学暴露和疾病的研究.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
- 毒理学 毒理学 毒理学
背景情况:
- 物理化学剂可以改变DNA和RNA,导致癌症等疾病.
- 纳学试图识别已知和未知的纳修饰,通常与蛋白质相关.
- 从高分辨率联质谱法 (HR-MS/MS) 分析复杂的数据是 adductomics的一个主要挑战.
研究的目的:
- 开发一个软件工具,用于NA修改的自动提取,注释和分类.
- 用HR-MS/MS数据解决NA adductomics中的数据处理挑战.
- 为了提高通过化学物质暴露引起的NA修改的识别.
主要方法:
- 开发用于自动化NA修改分析的FeatureHunter软件.
- 使用用户定义的功能列表进行数据处理.
- 从各种NA修改研究中分析HR-MS/MS光谱.
主要成果:
- FeatureHunter成功地自动提取,注释和分类NA修改.
- 该软件在分析甲和ambucil 诱导的 NA 修改方面表现出有效性.
- FeatureHunter使用复杂的生物样本进行了验证,包括吸烟者和非吸烟者的聚合尿液.
结论:
- FeatureHunter是NA adductomics工作流程的一个强大的工具.
- 它有助于在复杂样本中识别和分类各种NA修改.
- 该软件为暴露组研究和理解化学诱导疾病提供了宝贵的资源.
