从整个基因组序列中快速识别肠道细菌,使用平均核酸身份指标
Rebecca L Lindsey1, Lori M Gladney1, Andrew D Huang1
1Centers for Disease Control and Prevention, Division of Foodborne, Waterborne and Environmental Diseases, National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases, Atlanta, GA, United States.
Frontiers in microbiology
|December 29, 2023
概括
用于肠道细菌识别的全基因组测序 (WGS) 现在使用平均核酸标识 (ANI) 值更加快速和标准化. 这种方法可以准确识别细菌物种,为传统技术提供可靠的替代方案.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 准确识别肠道细菌物种对于公共卫生至关重要.
- 全基因组测序 (WGS) 为细菌识别提供了一个强大的工具.
- 需要基于WGS的标准化和快速识别方法.
研究的目的:
- 通过使用全基因组序列来确定肠道细菌物种识别的可靠平均核酸标识 (ANI) 值.
- 评估ANI分析细菌物种划分的性能.
- 为快速细菌识别提供标准化的方法.
主要方法:
- 利用MUMmer (ANIm) 软件计算细菌基因组之间的平均核酸标识 (ANI).
- 使用了两个数据集:参考基因组数据集v2 (RGDv2) 和测试基因组数据集 (TGDv1) 进行评估.
- 基于基因组对齐百分比的物种识别的确定ANI值.
主要成果:
- 已确立的特定物种的ANI值:≥95%的埃舍里希亚/西格拉和维布里奥,≥93%的沙门氏菌,≥92%的坎比洛巴克特和李斯特菌.
- 在TGDv1.1.中,ANI分析为所有验证菌株实现了精确的物种级分类.
- 该方法证明与已建立的黄金标准识别技术一致.
结论:
- 平均核酸标识 (ANI) 分析提供了一种快速,标准化和准确的方法,用于使用全基因组测序识别肠道细菌物种.
- 已建立的ANI值可以可靠地用于细菌物种划分.
- 这种方法提高了研究和诊断中的细菌识别的效率和标准化.
