在Trypanosoma brucei中通过克隆细胞条码和纳米孔测序识别抗原切换
Abdoulie O Touray1,2, Tamara Sternlieb1, Tony Isebe2
1Institute of Parasitology, McGill University, Ste Anne de Bellevue, QC, Canada.
Bio-protocol
|December 29, 2023
概括
这项研究引入了一种新方法,用于跟踪Trypanosoma brucei中变异性表面糖蛋白 (VSG) 切换,而无需进行遗传修饰. 该协议使用纳米孔测序和细胞条形编码,以核酸水平分辨VSG表达变化.
科学领域:
- 寄生虫学的寄生虫学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 生物通过改变来自大型基因家族的基因表达来适应环境或免疫挑战而适应.
- 一种原生病原体Trypanosoma brucei通过定期切换其表面外衣蛋白 (变异的表面糖蛋白或VSGs) 来逃避宿主免疫.
- 之前跟踪VSG切换的方法涉及到可能破坏基因调节或测序方法的遗传修饰,其分辨率有限.
研究的目的:
- 开发一种新的方法来研究T. brucei的抗原切换,而不会改变表达部位序列.
- 为了在核酸分辨率上检测VSG切换.
- 为研究具有大型基因家族的其他生物体的克隆细胞表达提供适应性工具.
主要方法:
- 使用多重克隆细胞条形码来追踪单个寄生虫细胞.
- 采用纳米孔测序用于高分辨率识别细胞特异性VSG表达.
- 开发了一个计算管道来分析DNA序列并确定每个克隆的表达VSG.
主要成果:
- 成功启用了VSG切换的分析,而无需修改表达位序列.
- 该协议使用长读纳米孔测序准确识别表达的VSG.
- 为了快速分析VSG表达式数据,建立了一个精简的计算管道.
结论:
- 开发的协议提供了一种非侵入性的方法来研究T. brucei.中的VSG切换.
- 这种方法提供了核酸水平分辨率,用于跟踪抗原变异.
- 该协议可适应于研究各种 prokaryotic 和 eukaryotic 系统中的克隆细胞表达.
